برنامج الدكتوراه في العقيدة برنامجٌ بحثيٌّ متقدم يقع في المستوى الثامن من الإطار الوطني للمؤهلات (48 ساعة معتمدة). يجمع بين مقررات تخصصية متقدمة في العقيدة والفِرَق والأديان والفلسفة والقضايا الفكرية المعاصرة، ورسالةٍ علمية أصيلة، بهدف إعداد باحثين قادرين على التأصيل والتحليل النقدي ومعالجة المستجدات العقدية والفكرية وفق المنهج الوسطي، وبما يخدم الأمن الفكري ورؤية المملكة 2030. ويُقدَّم في المقر الرئيس بجدة لشطر الطلاب.