يهدف برنامج ماجستير العلوم في الهندسة النووية إلى إعداد كوادر متخصصة ومؤهلة في مجالات الهندسة النووية وعلوم الإشعاع وتطبيقات التقنية النووية. يزوّد البرنامج الطلبة بمعرفة متقدمة في فيزياء المفاعلات النووية، وهندسة المفاعلات، وانتقال الإشعاع، والسلامة الإشعاعية التشغيلية، والرياضيات الهندسية المتقدمة، ومنهجيات البحث العلمي. يجمع البرنامج بين مقررات إجبارية ومقررات اختيارية متخصصة مثل أجهزة الكشف عن الإشعاع النووي، والوقاية من الإشعاع، ودورة الوقود النووي، والكيمياء الإشعاعية، والطرق الحسابية في قياسات الجرعات الإشعاعية، وتأثيرات الإشعاع على المواد، وموضوعات خاصة في هندسة المفاعلات النووية. وينتهي البرنامج بإعداد رسالة ماجستير تمكّن الطالب من إجراء بحث علمي مستقل وتطبيق الأساليب النظرية والحسابية والتحليلية لمعالجة قضايا متقدمة في الهندسة النووية.